L'initiative de créer un musée est venue de la Société de préhistoire et d'histoire locale, fondée le 14 février 1924. L'ouverture du musée eut lieu dès le 22 septembre 1924, dans deux salles situées dans les combles de l'ancienne école Pestalozzi, aujourd'hui l'école Karl Liebknecht.
Au cours des années suivantes, la collection n'a cessé de s'agrandir. Wolfgang Wanckel, armateur et propriétaire du port de Schönebeck, a joué un rôle important dans le développement rapide du musée. Après le décès du professeur Albert Mennungs, Wolfgang Wanckel a pris la direction du musée. Il s'est particulièrement distingué par de nombreuses fouilles archéologiques, notamment dans l'ancienne gravière de Welslebe. C'est là qu'il a découvert un spécimen extrêmement rare de buffle d'eau (Bubalus murrensis).
Il fallait cependant trouver un bâtiment approprié pour abriter les collections du Kreismuseum Schönebeck (l'ancien district de Schönebeck), qui s'étaient entre-temps considérablement enrichies. En 1954, l'ancienne mairie de Salzelmen fut mise à disposition pour l'installation du musée du district de Schönebeck. Ce bâtiment est l'une des plus anciennes maisons de la ville, la partie sud datant d'avant 1400. La cloche de l'horloge date de 1428.
A partir des années 2000, des travaux de transformation et de rénovation ont été entrepris dans le bâtiment. Entre 2014 et 2016, les trois nouvelles expositions permanentes Salzspu(e)ren, LebensStröme et l'espace consacré au sanctuaire circulaire de Pömmelte avec les objets originaux découverts lors des fouilles du Kreisgraben ont été inaugurés. Les années précédentes (2021-2024) ont été marquées par la rénovation en profondeur de l'extérieur du bâtiment.
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